Skien baptistkirke ønsker å være med å vise diakoni og nestekjærlighet i lokalsamfunnet. Derfor var menigheten en av grunnleggerne av Kontaktsenteret som senere er blitt Skien diakonale senter. Skien diakonale Senter er et lavterskeltilbud for rusavhengige. Roy Arild Jensen er styremedlem i denne stiftelsen.
En annen organisasjon i det diakonale arbeidet er CRUX Tilja hvor menighetsmedlemmer både arbeider og deltar som frivillige. CRUX Tilja oppfølgingssenter ønsker å stå opp for mennesker i sårbare og utfordrende livssituasjoner, så de kan oppleve trygghet og nå sine mål. Virksomheten skal bedre livskvaliteten for mennesker som trenger det. I desember har det blitt en tradisjon med en støttekonsert for Tilja i Skien baptistkirke.
Diakonikonferansen i Grenland Med røtter i livet har blitt en viktig møteplass å inspirere til og utruste til diakonal tjeneste både blant frivillige og ansatte i ulike organisasjoner og menigheter. Skien baptistkirke sammen med Pinsekirken Tabernaklet og andre lokale diakonale aktører driver dette arbeidet.
De siste årene har Skien baptistkirke vært vertskap for feiring på julaften for dem som har et behov av å være denne med noen på julekvelden.
Apostlenes gjerninger kapittel 6 gir den bibelske bibelsk forankringen for diakoni. Her fortelles det om den første kristne menighets fellesskap, som hadde alt sammen. I forbindelse med den daglige utdeling av mat, ble det en arbeidsdeling. De tolv apostlene kunne konsentrere seg om forkynnelsen etter at de hadde valgt Stefanus, en mann fylt av tro og Hellig Ånd, og Filip, Prokoros, Nikanor, Timon, Parmenas og Nikolaus, en proselytt fra Antiokia til å ivareta den spesielle tjenesten det var å hjelpe de som led nød.
I Skien baptistkirke er diakoni lagt under arbeidet til tjenesteutvalget.