Skien baptistmenighet ønsker å ha et sterkt misjonsengasjement i form av livsforvandlende prosjekter, som noen ganger skjer ved praktiske misjonsdugnader. Misjon er en viktig del av et menighetsarbeid og grunnlaget finnes sentralt i bibelen i misjonsbefalingen i Evangeliet etter Matteus 28:19-20 Gå derfor og gjør alle folkeslag til disipler: Døp dem til Faderens og Sønnens og Den hellige ånds navn og lær dem å holde alt det jeg har befalt dere. Og se, jeg er med dere alle dager inntil verdens ende.

Misjonsarbeidet skal ha en langsiktighet og være gjenkjennbart ut fra verdiene i menigheten. Arbeidet skjer primært innenfor rammen til Det norske Baptistsamfunn, European Baptist Mission, European Baptist Federation og Baptist World Alliance. 

I 2020 er følgende misjonsprosjekter prioritert:
Menighetsplanting med nasjonal medarbeider i nordlige Sierra Leone.
Evangeliseringsarbeid i DR Kongo.
Menighetsarbeid i Kwee Lay i Myanmar.
Menighetsplanting blant syriske flyktninger i Armenia.
Relasjonsbygging i Ogre i Latvia
Menighetsplanting i et land som er lukket for evangeliet.
Omsorg for Beirut i Libanon